Strukturę organizacyjną, organizację kierowania, funkcje oraz zadania komórek organizacyjnych Komendy Powiatowej Policji w Mogilnie określa Regulamin Komendy Powiatowej Policji w Mogilnie z dnia 15 września 2006 r. z późniejszymi zmianami.
Komendą Powiatową Policji w Mogilnie kieruje Komendant Powiatowy Policji w Mogilnie przy pomocy Pierwszego Zastępcy Komendanta Powiatowego Policji w Mogilnie oraz bezpośrednio podległych kierowników komórek i jednostek organizacyjnych, policjantów i pracowników wyznaczonych do koordynowania pracy komórek organizacyjnych Komendy.
Komendant Powiatowy Policji w Mogilnie
- Wydział Kryminalny
- Zespół Dochodzeniowo-Śledczy
- Referat Operacyjno-Rozpoznawczy
- Zespół do walki z Przestępczością Gospodarczą
- Zespół Techniki Kryminalistycznej
- Jednoosobowe stanowisko dw. z Przestępczością Narkotykową
- Jednoosobowe stanowisko ds. Prasowo - Informacyjnych
- Jednoosobowe stanowisko ds. BHP
- Zespół ds. Ochrony Informacji Niejawnych
- Zespół Kadr i Szkolenia i Prezydialny
- Zespół ds. Łączności i Informatyki
- Zespół Administracyjno-Gospodarczy
Pierwszy Zastępca Komendanta Powiatowego Policji w Mogilnie
- Wydział Prewencji i Ruchu Drogowego
- Zespół Patrolowo-Interwencyjny
- Zespół Dzielnicowych
- Referat Ruchu Drogowego
- Zespół Dyżurnych
- Zespół ds. Wykroczeń
- Jednoosobowe stanowisko ds. Profilaktyki Społecznej, Nieletnich
i Patologii - Jednoosobowe stanowisko ds. zarządzania kryzysowego, spraw obronnych i operacji policyjnych
- Jednoosobowe stanowisko ds. organizacji służby
- Komisariat Policji w Strzelnie
- Komendant Policji w Strzelnie
- Zespół Kryminalny
- Zespół Wspomagający
- Posterunek Policji w Jeziorach Wielkich
- Zastępca Komendanta Policji w Strzelnie
- Zespół Patrolowo - Interwencyjny
- Zespół Dzielnicowych
- Jednoosobowe stanowisko ds. wykroczeń
- Komendant Policji w Strzelnie